Данный веб-сервис является оболочкой для библиотеки JSmol. Для работы необходима поддержка браузером Javascript и HTML5.
Информация о JSmol: http://wiki.jmol.org/index.php/JSmol
Базовые знания о работе в программе можно получить из практикума по биоинформатике: http://www.bashedu.ru/bioinformatika
Для упрощения выполнения некоторых действий программа имеет панель управления, расположенную справа.
Если задан Размер 100%, вся оставшаяся область страницы занята областью отображения структуры. Размер области отображения структуры можно уменьшать; чем меньше ее размер, тем более плавно и быстро вращается отображаемая структура (особенно если она содержит много атомов, т.е. макромолекулы).
Программа позволяет одновременно отображать одну, две или четыре области отображения структуры (например, если вы хотите сравнить структуры стереоизомеров). На панели управления постоянно присутствует надпись "Окно 1", "Окно 2", "Окно 3" или "Окно 4". Кнопки на панели при этом действуют на соответствующую область отображения структуры. Чтобы переключиться на какую-либо область, просто щелкните на нее.
Поле ввода предназначено для указания структуры, которую следует загрузить.
Если ввести четыре символа, первый из которых цифра, а остальные - цифры или латинские буквы, программа загрузит структуру с соответствующим PDB ID с сайта PDB (rcsb.org). Аналогично команде load =1abc (если вы ввели 1abc).
Если ввести набор символов из цифр, латинских букв, пробелов, запятых, дефисов (не обязательно всё сразу), программа загрузит структуру с соответствующим названием из PubChem. Аналогично команде load :glucose-1,6-bisphosphate (если вы ввели glucose-1,6-bisphosphate).
Если ввести что-либо иное, программа будет пытаться загрузить структуру по соответствующему адресу в сети (URL).
Галочка SMILES позволяет вводить формулы в этом формате. Смотрите https://ru.wikipedia.org/wiki/SMILES Аналогично команде load :smiles:CC(=O)O (если вы ввели CC(=O)O).
Показать последовательность. Кнопка выделяет белок и нуклеиновую кислоту, выполняет команду show sequence и переводит обозначения остатков в однобуквенные. При наведении на букву во всплывающей подсказке показывается ее номер в файле pdb. При клике по букве мономер выделяется в структуре. Если нажать мышь на одной букве, а отпустить на другой, выделятся в том числе и мономеры между ними (действие похоже на выделение текста, но технически никак с ним не связано). Номера выделяемых мономеров добавляются в поле под последовательностью, его содержимое - аргумент команды select, которая выполняется при любом редактировании поля. Снять выделение можно только очищая это поле.
Вращать. Поочередно запускает команды spin и spin off.
Скрыть воду. Выполняет команду hide water.
Стерео. Поочередно запускает команды stereo on и stereo off.
Измерения (–). Режим "измерения", используемый по умолчанию. Позволяет выполнять измерения межатомных расстояний, валентных и торсионных углов.
Атом. В этом режиме щелчок по атому выделяет его или снимает выделение.
Мономер. В этом режиме щелчок по атому выделяет аминокислотный или нуклеотидный остаток, в который он входит.
Молекула. В этом режиме щелчок по атому выделяет молекулу, в которую он входит.
Выделение: Все - команда select all, Обратить - команда select not selected, Снять - команда select none.
Белок, НК, лиганд - соответственно select protein, select nucleic, select ligand.
Поле ввода. Введенный текст будет присоединен к команде select в JSmol.
Выделенное: Удалить - команда hide selected, Центрировать - команда center selected, Скрыть - команда spacefill off, wireframe off, cartoons off, Только - команда restrict selected.
Цветные кнопки выполняют команду color red (или другой цвет).
Консоль. Позволяет выполнять команды Jmol.
Ссылка или код апплета. Используйте эту функцию, если вы хотите дать ссылку на структуру или вставить структуру на свою веб-страницу. При обращении к этой функции все изменения вида структуры, сделанные вами, сбросятся.
Используйте синтаксис языка Jmol, чтобы задать ссылку на структуру и/или дополнительные команды. Изменения вида структуры, заданные в полях ввода, проявятся только после нажатия кнопки Просмотр, Ссылка или Фрейм; это сделано, чтобы не нагружать зря серверы банков данных.
Ссылка. Дает гиперссылку на наш сайт с указанной структурой с учетом заданных параметров внешенго вида молекулы (масштаб, поворот, дополнительные команды).
Фрейм. Дает HTML-код, который вы можете вставить на веб-страницу, если ее редактор позволяет редактировать HTML-код, а платформа позволяет добавлять фреймы. К примеру, платформа электронного обучения Moodle позволяет это.
Наш сервер использует GET-запросы для задания структуры и ее вида при загрузке страницы. Вы можете использовать любые команды Jmol как значение GET-параметра cmd. Например:
http://софт.биоуфа.рф/молекулы?cmd=load =1bna; zoom 90; rotate x 30; hide water; spin
Вы также можете выполнять любые javascript-команды с помощью GET-параметра js. Например:
http://софт.биоуфа.рф/молекулы?cmd=load =1bna; hide water; spin&js=two();Jmol.script(my2, "load :caffeine; zoom 60; spin z 200"); alert('Привет')
Функция two() помещает на странице два апплета, функция four() - четыре, функция one() - один (по умолчанию). Апплеты называются my1, my2, my3, my4.
Существует также страница http://софт.биоуфа.рф/молекулы/lite.php , отличающаяся отсутствием панели управления и структуры, загружаемой по умолчанию. Она содержит единственный апплет my1.